昭和22年（1947年）に開校されて以来、開校67年目を迎えた。また、昭和55年から現在の校舎での教育が始まっている。「親はボロをまとっても子供の教育のために」の言葉に象徴される校舎改築に寄せる村民の熱い思い、「どっしりとした人間になって欲しい」「権力におもねることなく、堂々と自己の確立を目指して欲しい」などの願いにより中庭に据えられた巨岩「野人の理想」等、その一つ一つから村民が学校教育に寄せる強い願いや期待を感じる。その期待を受け、昭和56年（1981年）には学校教育目標が下記のように改訂され、今日まで継続されている。
学校教育目標
生命を大切にし 自ら伸びようとする生徒
また、学校教育目標具現に向け、昭和59年度から取り入れられた青少年赤十字活動は今日も受け継がれ、「自他の生命の尊重」に向けた取り組みが粛々と続いている。
目指す生徒の姿と教育実践上のキーワード
木祖村の村花は「りんどう」、村木は「トチノキ」である。「りんどう」は校章のデザインにもなっており、『厳しい自然にも毅然として立つ姿は木祖中生徒・職員の求める姿である』と述べられている。また、木祖村村民憲章には『わたくしたちの村は、山深い草かげにうまれた雫たちが、大河となって太平洋にそそぐ源の里です。恵まれた自然の中で、すこやかで、さわやかに、心豊かなふれあいを深めながらのびていく木祖村』とあり、「ふるさと木祖」を大切にしようとする心象が強く現われている。
木祖中学校の生徒は、総じてやるべきことに真摯に取り組める傾向にある。歌に積極的に取り組めたり、諸活動を通し木祖村を愛する心が育ってきたりしている。一方、やや難しい課題に直面したとき粘り強い追求ができなかったり、少人数集団で固定化された学校生活のため、集団への不適応が見られたりする生徒もいる。そこで、学校教育目標、村民憲章の願いを受け、お互いの生命、人権を尊重しながら主体的に学習に取り組み未来をたくましく切り開くことができる「生きる力」の育成を願って、目指す生徒の姿を次のように設定した。
目指す生徒の姿
「 自ら考え自ら動く生徒 」
